Website Berita Otomotif Terbaru
Protein – Prediksi Struktur

Protein – Prediksi Struktur

May 1, 2019 | admin | Leave a comment

pengantar

Prediksi struktur protein dari suatu urutan adalah salah satu masalah fokus tinggi bagi para peneliti. Ini adalah aplikasi bioinformatika yang sangat berguna karena teknik eksperimental seperti kristalografi sinar-X memakan waktu. Masalah mendasar adalah bagaimana kita dapat memprediksi bentuk 3-D dari protein dari sekuens asam amino. Sekarang kita akan melihat bagaimana memprediksi struktur dan fungsi protein berdasarkan urutan asam amino.

Masalah pelipatan protein

Menurut hipotesis Alfinsen, struktur 3-D dari protein ditentukan semata-mata oleh informasi sekuens asam amino. Argumen yang kuat terhadap hipotesis Alfinsen adalah paradoks Levinthal. Ada beberapa pemikiran tentang resolusi paradoks Levinthal. Ini dirangkum di bawah ini:

1. Metode teoretis yang digunakan untuk membuktikan kekerasan bukanlah sifat yang coba dioptimalkan.

2. Evolusi mungkin telah memilih protein yang mudah terlipat.

3. Protein mungkin terlipat secara lokal, bukan secara global optimal.

Untuk meringkas, sulit untuk memprediksi struktur protein dari urutan. Namun dari database yang berkembang dari struktur protein yang ditentukan secara eksperimental, beberapa heuristik muncul:

1. Jumlah lipatan protein unik sangat terbatas.

2. Ada banyak protein dengan lipatan yang sama, tetapi tidak ada kesamaan urutan.

3. Mutasi 'netral' yang mengubah struktur protein mungkin terjadi.

Identifikasi dan karakterisasi protein

Beberapa alat yang membantu dalam memprediksi sifat fisik protein yang diketahui adalah:

1. AA CompIdent.

2. TagIdent, PeptIdent, dan MultiIdent.

3. PROPSEARCH.

4. PepSea.

5. PepMapper, Maskot, dan PeptideSearch.

6. FindPept.

1. AA CompIdent:

Ini digunakan untuk mengidentifikasi protein dengan komposisi asam amino. Ini menggunakan komposisi asam amino dari protein yang tidak diketahui untuk mengidentifikasi protein yang diketahui dari komposisi yang sama.

2. TagIdent, PeptIdent, dan MultiIdent:

TagIdent memungkinkan pembuatan daftar protein yang dekat dengan pI dan Mw yang diberikan.

PeptIdent digunakan untuk mengidentifikasi protein dengan data sidik jari massa peptida, pI dan MW.

MultiIdent adalah alat yang memungkinkan identifikasi protein menggunakan pI, Mw, komposisi asam amino, tag urutan dan data sidik jari massa peptida.

3. PROPSEARCH:

Ini adalah alat untuk menemukan keluarga protein diduga. Menggunakan komposisi asam amino sebagai input. Selain itu sifat-sifat lain seperti berat molekul, kandungan residu besar, kandungan residu kecil, hidrofobik rata-rata, muatan rata-rata dan kandungan gugus dipeptida yang dipilih dihitung dari urutan juga.

4. PepSea:

Ini adalah alat untuk identifikasi protein dengan pemetaan peptida atau urutan peptida.

5. PepMapper, Maskot, dan PeptideSearch:

PepMapper mengambil massa peptida sebagai input utama.

Pencarian maskot mengambil sidik jari peptida massal, kueri urutan, atau pencarian ion MS / MS sebagai input.

PeptideSearch menggunakan daftar massa peptida, tag urutan peptida, urutan asam amino sebagai input.

6. FindPept:

Ini digunakan untuk mengidentifikasi peptida yang dihasilkan dari pembelahan protein yang tidak spesifik. Ini memperhitungkan modifikasi kimia artifaktual, modifikasi pasca-translasi dan pembelahan autolitik protease.

Kesimpulan:

Ini adalah beberapa alat prediksi struktur protein dan fungsi. Ini mengarah ke langkah selanjutnya yaitu analisis dan prediksi struktur primer.

Artikel ini berasal dari Judi Online yang merupakan website terpercaya di indonesia ini.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *